Stai elencando tre problemi diversi, ognuno con cause plausibili che possono essere trovate nei confini della simulazione stessa. Innanzitutto perdonami, non ricordo se hai già scritto in altri messaggi di quale modulo stai parlando: ogni aereo ha tutte le sue avioniche e quello che può essere vero per uno è molto probabile non lo sia per gli altri.
Detto ciò butto giù un po' di idee visto che non dai molti dettagli sulle procedure che stai seguendo:
1- Il trim è neutrale o in qualche modo è stato modificato? Gli assi di controllo sono tutti ben calibrati?
2- A meno che il metodo di sgancio non sia indissolubilmente legato all'armamento, come ad esempio accade nel Mirage 2000, nel Mission Editor non specifichi il tipo di sgancio ma solo l'armamento, quindi verifica nel tuo modulo qual è la procedura di sgancio che vuoi seguire
3- Se il target è molto lontano e il modulo che stai usando implementa correttamente l'INS, col passare del tempo sarai soggetto a drifting, quindi di fatto i waypoint si sposteranno. Succederebbe anche nella realtà.
Comunque se vuoi toglierti i dubbi, magari hai installato dei mod e non sei sicuro, e vuoi riportare DCS alla situazione originale, puoi seguire le procedure di cleanup e repair: https://www.digitalcombatsimulator.com/en/support/faq/repair/